Wir sind auf dem Weg. Diese Losung aus der Erzählung des Evangelisten Lukas über die Emmausjünger begleitet auch die Kirchengemeinde Emmaus. Als in den 50er-Jahren des letzten Jahrhunderts die Stadt Cuxhaven einen Ausbau des sog. Musikerviertels plante, überlegte die Cuxhavener Kirchengemeinde St. Petri - damals noch zur Hamburger Landeskirche gehörend -, wie die kirchliche Versorgung des Musikerviertels künftig auf einem zentralen Grundstück sichergestellt werden sollte. Die Stadt und St. Petri entschieden sich für eine Gründstückslösung in zentraler Lage des Musikerviertels.
Die wirtschaftliche Lage der Landeskirche erlaubte es jedoch nicht, in einem Zuge das im Rahmen eines Architektenwettbewerbs 1964 entworfene Gebäudekonzept zu verwirklichen. So wurde beschlossen, zunächst den Bau einer Kindertagesstätte (damals Kindertagesheim genannt) und ein Gemeindezentrum vorzuziehen, ehe dann bei einer Verbesserung der finanziellen Lage Pastorat und Kirche errichtet werden sollten. Anfang Oktober 1968 konnten die ersten Kinder in die Kindertagesstätte einziehen und am 1. Advent 1968 wurde das Gemeindehaus (als Teil von St. Petri) feierlich eingeweiht.
Die KIndertagesstätte erleicherte die Bildung der zukünftigen Emmausgemeinde. Über die Kinder nahm Pastor Gunthard Klein, seit 1968 in Cuxhaven, mit seinen haupt- und ehrenamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern die Verbindung zu den Eltern auf und erreichte vorallem auch die jüngeren Bewohner und Familien des Neubaugebietes Musikerviertel. Eine Fortentwicklung war dann die Trennung von St. Petri und die Gründung der eigenständigen Emmausgemeinde. Dies erfolgte zum 01.01.1973. Am 04.01.1973 fand die erste Sitzung des neu gewählten Kirchenvorstandes statt.
Im August verabschiedete sich Pastor Klein von der Emmausgemeinde. Zum 01.04.1976 wurde Pastor Otto Grau, bis dahin Pastoralassistent an St. Petri, Emmaus als neuer Gemeindepastor zugewiesen. Er konnte sogleich in das zwischenzeitlich errichtete Pastorat einziehen.
Seit dem 01.01.1977 gehören die Stadt-Cuxhavener-Kirchengemeinden nicht mehr zur Hamburgischen Landeskirche, sondern sind deer Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Hannovers zugehörig.
Die erstmalige Konfirmation der Jugendlichen 1977 im Gemeindesaal, der auch als Kirchraum diente, machten bei vielen Angehörigen deutlich, was noch fehlte: ein besonderer Kirchraum und ein Glockenturm. Dies war in der Folgezeit eine wichtige Aufgabe aller Kirchenvorstände, die Planung und Finanzierung mithilfe des Kirchenkreises und der Landeskirche sicherzustellen. Erst 1987 konnte beim Landeskirchenamt in Hannover der Antrag gestellt werden, den vorhandenen Innenhof des Gemeindezentrums zu überdachen und zu einem Kirchraum umzugestalten. Im Herbst 1989 begann der Umbau. Aufgrund eines Brandes im Gemeindezentrum, von dem auch der neue Kirchraum mit betroffen war, konnte die Gemeinde dann am 01. Advent 1990 in einem Festgottesdienst mit Landessuperintendent Karl Manzke die Kirche einweihen.
